Atqia Institute bermula berdiri di Badean pada tahun 2012, yang menyediakan asarama bagi siswa-siswi yang sedang menempuh pendidikan di MAN Bondowoso dan MTsN 2 Bondowoso. Ustadz Matkur Damiri menjadi kepala sekolah di MTs At-Taqwa yang pada saat itu masih bertempat di Masjid Agung. Karena keterbatasan lahan akhirnya memindahkan MTs At-Taqwa ke Kademangan. Namun hal tersebut mendapat banyak komplain dari orang tua siswa dan para guru, dikarenakan dikademangan lebih jauh dan lebih sulit di akses oleh transportasi umum.
Disamping itu ustadz matkur selaku kepala sekolah pada masa itu memberikan solusi bagi siswa yang rumahnya jauh dengan memberikan fasilitas Pondok Pesantren yang letaknya tidak terlalu jauh dari lokasi MTs At-Taqwa. Pada saat bangunan baru selesai dibangun, siswa-siswi justru tidak ada yang bertempat tinggal di pondok dan lebih memilih pulang kerumah.
Pada tahun 2015 setelah dimusyawarahkan Bersama pihak terkait maka berdirilah pondok pesantren Atqia yang juga beserta Madrasah Aliyah Atqia Bondowoso. Murid awal yang mendaftar awal sekitar sembilan orang, meskipun sempat ragu namun mendapat dorongan dan dukungan positif dari orang tua siswa maka Madrasah Aliyah Atqia Bondowoso dilanjutkan. Survei yang dilaksanakan oleh Kementrian Agama Islam Kabupaten Bondowoso dan Provinsi Jawa Timur memberikan dukungan kepada pengelola, meskipun bangunan, lokasi dan keadaan yang belum memungkinkan namun orang-orang yang mengelola meyakinkan akhirnya izin operasional Madrasah Aliyah Atqia Bondowoso turun pada tahun 2015.